Η Διατριβή Μεταπτυχιακής Ειδίκευσης (ΜΔ) εκπονείται στο τρίτο εξάμηνο σπουδών. Αυτή μπορεί να είναι:

1. Ερευνητική σε ένα από τα εργαστήρια του Ινστιτούτου Χημικής Βιολογίας του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, του Τμήματος Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, άλλων ακαδημαϊκών και ερευνητικών φορέων.

2. Εργασία και πρακτική άσκηση σε έναν από τους συνεργαζόμενους επιχειρηματικούς φορείς. Οι επιχειρηματικοί φορείς θα επιλέξουν οι ίδιοι, μετά από συνέντευξη των μεταπτυχιακών φοιτητών από το τμήμα ανθρώπινου δυναμικού κάθε φορέα, τους φοιτητές που θα ασκηθούν σε αυτούς.

3.  Εκπόνηση επιχειρηματικού σχεδίου με την υποστήριξη εξειδικευμένων στελεχών τόσο στο σχεδιασμό όσο και την υλοποίησή του.